生殖器疱疹的潜伏期一般为2～7天，也就是说病人多在2～7天前有不洁性生活史。该病多因性交时损伤局部黏膜，疱疹病毒乘虚侵入而感染。
生殖器疱疹的临床表现主要是在生殖器部位有一个或多个小的红色疱疹，多伴有瘙痒，3～5天后形成脓疱，破溃后糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛，皮损单发或多发，融合一体。
男性患者疱疹好发于龟头、冠状沟、阴茎、肛门周围及尿道口处；病人伴有生殖器以外的病损，主要在口唇、手指、臀部、大腿、手臂等处。
本病一般经过3周左右可以痊愈，但常会反复发作。其复发的原因主要是人体对生殖器疱疹病毒不产生永久免疫力，原发感染消退后，病毒潜伏于神经节内，当机体免疫力低下时，如某些发热性疾芮、过度疲劳、情绪波动、感冒等，或者过食辛辣厚味的食物，如饮酒、吃辣椒、吃海鲜等，容易使体内潜伏的病毒即被激发而发病，出现一系列临床症状。
初发皮损较大，症状也较重，复发一般症状较轻。一役复发性生殖器疱疹多在原发病后1～4月内复发，特点是复发疹一股均在原处，全身症状较轻，病程较短，皮疹约10天自行消退。
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