重症肌无力的病因及发病机制较复杂，迄今尚未完全阐明。近年来通过对乙酰胆碱受体(AChR)的广泛研究取得了较大进展。通过一系列的实验研究均证明本病患者的突触后膜存在病变，其表面有效的AChR减少是本病的重要病理生理基础。
大量实验资料、免疫学方面和临床研究均说明本病系对自身AChR致敏，且存在多元性免疫反应的自身免疫性疾病。自身免疫的靶器官主要是突触后膜的AChR。约80%以上的本病患者伴有胸腺增生，其中10%～20%患者并有胸腺瘤。胸腺公认为本病致病的主要器官，其始动抗原来自胸腺，胸腺中肌样细胞膜表面存在AChR。本病可能是由于机体在感染或遗传等致病因素影响下，致胸腺内肌样细胞上的AChR易脱落，使机体免疫系统致敏，产生抗AChR抗体，通过一系列多环节免疫反应，并在补体介导下，经循环沉积于突触后膜，造成突触后膜形态和功能损害，从而导致神经肌肉传递障碍而致病。本病遗传因素不明显，有家族性重症肌无力病例报道，有文献报道遗传因素在本病的发病中似起一定作用。组织相容抗原(HLA)检测发现MG的易感性与某些HLA相关，不同种族和地区的遗传表型各不相同。
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