重症肌无力的治疗方法包括：
1.胸腺摘除全身型和迅速进展的MG病人均应考虑行此手术，将胸腺摘除和非手术组MG病人按年龄和病情严重度相匹配，经研究发现，手术组病人的缓解率和好转程度约为对照组的2倍。
术后数月内，约25%～35%病人缓解，60%～80%好转。对胸腺瘤病人，术后一般继以放疗。一般认为劈开胸骨正中切口比经颈切口好，切除完全。由有经验的胸外科、ICU和神经科医师共同配合，是降低手术死亡率、提高手术疗效的关键。
2.大剂量肾上腺皮质类固醇一般从大剂量开始，每日或隔日给予；因小剂量渐加的方法既不能消除、也不能减轻，而只是维持其用药早期病情不会加重。可用泼尼松60～100mg，或地塞米松10～20mg静脉滴入。
3.环磷酰胺每次1000mg，静脉注射，每5天1次；或每次200mg，静脉注射，每周2～3次；或口服100mg，一般总量达4～6g起效，直至总量8～10g，儿童3～5mg/kg体重(不超过100mg)，分2次用，好转后减量，用2mg/kg体重(不超过50mg)维持。
当血白细胞低于4×109/L或血小板低于100×109/L时减量；当血白细胞低于3×109/L或血小板低于60×109／L时停用。主要副作用为血白细胞、血小板减少，脱发，出血性膀胱炎等。可用于病人不愿或不能用胸腺摘除和肾上腺皮质类固醇的病人，尤其有高血压、糖尿病的MG病人，无明显副作用，疗效较好。
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