中医治病讲究辨证论治，通常按以下分型治疗生殖器疱疹：
（1）湿热下注证生殖器疱疹：常见生殖器部位成簇水疱，是由于素日喜肥甘厚味，湿热之邪下注肝经所致。
治法则宜清热除湿。方药常以龙胆泻肝汤加减：龙胆草10g、山栀10g、黄芩10g、柴胡10g、车前子10g、生地10g、当归10g、木通10g、生甘草10g。方中龙胆草清泻肝经湿热；山栀、黄芩、柴胡配合龙胆草清肝利胆，车前子、木通清热利湿；生地、当归凉血活血；生甘草调和诸药。
（2）毒热蕴结证生殖器疱疹：见阴部疱疹大而红，局部肿胀，疼痛明显，是由于不洁性交，外染淫毒，毒热结聚阴部所致。治法宜清热解毒。常以方药清毒神圣汤加减：金银花30g、天花粉30g、蒲公英30g、当归15g、生甘草10g、板蓝根30g。方中金银花清热解毒为主药；天花粉排毒驱腐；蒲公英、板蓝根配合主药加强治疗作用；当归、生甘草养血活血，调和诸药。如淋巴结肿大疼痛者，加地丁30g、夏枯草10g。
（3）肾气不足证生殖器疱疹：常见于复发性阴部疱疹，无自觉症状，是由于肾气不足，淫毒之邪未尽所致。
治法以补肾为主，佐以解毒除湿。常用方药为六味地黄丸加减：生熟地各10g、山药15g、山萸肉10g、枸杞子10g、茯苓15g、泽泻10g、丹皮10g、板蓝根10g。方中生熟地滋补肾阴；山药、山萸肉、枸杞子滋补肝脾肾三阴；茯苓、泽泻、丹皮乃补中有泻；板蓝根清泻余毒。
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