肛瘘的治疗方式有很多，在目前来说，主要就是指药物治疗，以及微创手术两种治疗方式，微创手术主要是针对肛瘘后期的病情，或者是病情比较严重的患者，除此之外，一般都是药物治疗为主，下面就常见的治疗肛瘘的方法进行介绍：
包括内洽法和外治法。
(一)内治法
1.清热利湿：凡出现瘘管外口流粘稠脓，色白或黄，外口闭合，局部肿胀疼痛，小便不利，
舌红、苔黄腻，脉滑数等症状，为湿热蕴结。治宜清热利湿。选方常用土医之家消痔栓。
2.清热解毒：凡出现肛瘘外口闭合，恶寒发热，局部红肿、灼热疼痛，舌红、苔黄，脉数等症状，为热毒蕴聚。治宜清热解毒。选方常用仙方活命饮加减。
3.养阴托毒：凡出现瘘管外口凹陷，周围颜色晦暗，脓水清稀，舌红少津，少苔或无苔，脉细数无力等症状，属阴虚型肛瘘。治宜养阴托毒。选方常用青蒿鳖甲汤加减。
4.补益气血：凡出现肛瘘经久不愈，肉芽不鲜，脓水不多，形体消瘦，面色无华，气短懒言，舌淡、苔白，脉细弱无力等症状，属气血亏虚型。治宜补益气血。选方常用十大补汤加减。
(二)外治法
1.外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗。
2.外敷法：肛瘘急性期可用土医之家痔疮膏等外敷。
肛瘘这种疾病很容易就引起并发症，因为肛瘘主要就是因为各种感染苏引起，若不是手术治疗的情况下，肛瘘的治疗一般比较复杂，但手术治疗肛瘘之后，一定要注意进行护理，尤其是伤口部位的卫生，要有足够的重视。
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