治疗肛瘘的方法中，最常见的就是药物治疗，以及手术治疗两种，绝大多数情况下都是以药物治疗为主，药物治疗措施中，中医中药的效果是比较明显的，但缺陷是治疗时间相对较长，下面，就肛瘘的治疗常见方法总结如下：
包括内洽法和外治法。
（一）内治法
1.清热利湿：凡出现瘘管外口流粘稠脓，色白或黄，外口闭合，局部肿胀疼痛，小便不利，
舌红、苔黄腻，脉滑数等症状，为湿热蕴结。治宜清热利湿。选方常用土医之家消痔栓。
2.清热解毒：凡出现肛瘘外口闭合，恶寒发热，局部红肿、灼热疼痛，舌红、苔黄，脉数等症状，为热毒蕴聚。治宜清热解毒。选方常用仙方活命饮加减。
3.养阴托毒：凡出现瘘管外口凹陷，周围颜色晦暗，脓水清稀，舌红少津，少苔或无苔，脉细数无力等症状，属阴虚型肛瘘。
治宜养阴托毒。选方常用青蒿鳖甲汤加减。
4.补益气血：凡出现肛瘘经久不愈，肉芽不鲜，脓水不多，形体消瘦，面色无华，气短懒言，舌淡、苔白，脉细弱无力等症状，属气血亏虚型。治宜补益气血。选方常用十大补汤加减。
（二）外治法
1.外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗。
2.外敷法：肛瘘急性期可用痔疮膏等外敷。
一定要注意了解的一点是，任何一种肛肠疾病都有复发的特点，肛瘘疾病也是如此，这样的情况下，做为肛瘘的患者，在治疗的过程中，以及在治愈的初期，对于一些禁忌的事项一定要注意避免。
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