药物治疗是治疗克罗恩的一种手段

每天口服（最好于餐前）4次下列药物可以解痉和止泻：抗胆碱能药物和苯乙哌啶2.5~5mg，氯哌丁胺2~4mg，去臭的阿片酊剂0.5~0.75ml（10~15滴）或可待因15~30mg.上述对症治疗是安全的，但是不能用于严重的，急性克罗恩结肠炎，否则可与溃疡性结肠炎一样发展为中毒性巨结肠。亲水性胶浆剂（如甲基纤维素或车前草制剂）。通过增加粪便硬度有时有助于防止肛门刺激症状。

柳氮磺胺吡啶治疗主要对轻至中度结肠炎和回肠结肠炎患者有益，但是对回肠炎患者也有一定疗效。该疗法还能保持缓解，尽管尚未证实其对术后的复发具有预防作用。

美沙拉敏（5-氨基水杨酸）是柳氮磺胺吡啶的活性部分，有几种口服控释剂型，可以在小肠和结肠各段释出。对不能耐受柳氮磺胺吡啶的患者尤其有用。美沙拉敏剂量达到4g/d，可以有效地诱导缓解并保持之，而且对抑制术后的复发大有希望。

皮质类固醇可用于急性期克罗恩病的治疗，能明显地减轻发热和腹泻，缓解腹痛和压痛，增进食欲和改善自我感觉。开始即应口服大剂量的强的松40~60mg/d.对于病情严重而住院的患者，可连续静脉滴注相当剂量的氢化可的松（200~300mg/d）。取得满意疗效后，强的松日剂量应该逐渐减少，这样经过1或2个月后，剂量不应超过10mg.

虽然对某些患者少至5~10mg/d剂量仍可能有助于控制症状，但是长期疗法往往弊大于利。如有明显的感染（如瘘管，脓肿），须避免使用皮质类固醇。对不能肯定的病例（如那些有压痛和炎症性包块的病人），应同时给予抗生素。

新的表面活性皮质类固醇——布地奈德（budesonide），能口服或作为灌肠剂使用。其全身性生物利用度低，因此能降低对肾上腺的抑制。口服控释型布地奈德能诱导缓解，而且其副反应较强的松少；但与传统的皮质类固醇相比并不同样有效，而且超过6个月后在预防复发方面并不比安慰剂好。

广谱抗生素能有效地对抗肠道革兰氏阴性细菌和厌氧菌，在许多患者中可能有助于降低疾病活动性，但是对化脓性并发症（如感染性瘘管，脓肿）最为有效。应用甲硝唑1~1.5g/d是有益的，特别是克罗恩结肠炎，而且对治疗肛周病变更为有效。神经病变主要表现为感觉异常，是该药长期使用的一种常见且有潜在危险性的副反应；但只要停药，常可逆转。停用甲硝唑后，克罗恩病的复发率很高。在其他的广谱抗生素中，环丙沙星显示出特别的希望，但其疗效被多种抗结核药物方案所混淆。

免疫调节药物，特别是抗代谢药（硫唑嘌呤和6-巯基嘌呤）的长期治疗是有效的。口服硫唑嘌呤（每日2.0~3.5mg/kg）或6-巯基嘌呤（每日1.5~2.5mg/kg）能明显改善患者全身临床症状，降低皮质类固醇的需要量，使瘘管愈合，缓解持续多年。然而，这些药物往往需用3~6个月后才开始产生临床效果，并且应仔细观察过敏反应，胰腺炎以及白细胞减少副作用的发生。

对伴有严重皮质类固醇抵抗性疾病的患者，甚至那些对硫唑嘌呤或6-巯基嘌呤治疗无反应的患者，每周一次肌内或皮下注射甲氨蝶呤25mg是有益的。已被证实，在炎症及瘘管性疾病中应用大剂量的环孢菌素有明显疗效，但因其多毒性而禁止长期使用。Infliximab是一种可抑制肿瘤坏死因子的单克隆抗体，静脉注射可用于治疗其他疗法无效的中度至重度的克罗恩病（特别是形成瘘管的疾病）；但其长期疗效和副作用尚不清楚。其他有潜力的免疫调节治疗包括白介素-1阻滞剂，白介素-12抗体，抗-CD4抗体，粘连分子抑制剂和下调细胞因子。这些众多的实验性治疗方法表明克罗恩病的现行疗法还有不足之处。

一些伴有肠梗阻或瘘管的患者，至少在短期内可依靠要素饮食或强化营养而使病情得到改善，有些患儿的生长速度可加快。由此可见，这些措施可作为手术前或辅助疗法，甚至作为主要疗法也有价值。

如有反复发生的肠梗阻或难治性瘘管或脓肿存在，则通常需要施行手术。手术切除肉眼所见的受累肠道，可能会无限期地改善症状，但不能治愈疾病。柳氮磺胺吡啶并不能预防手术后的复发，但是应用美沙拉敏（至少2.0g/d）可能有效。用内镜检查吻合口处的病损来定义复发率：术后1年复发率超过70%，术后3年复发率超过85%；用临床症状来定义复发率：术后3年复发率约25%~30%，术后5年复发率约40%~50%.近50%的病例最终需要施行进一步的手术。然而，术后早期应用美沙拉敏，甲硝唑或若有可能应用6-巯基嘌呤预防性治疗似能降低复发率。而且，当患者因特殊的并发症或内科治疗失败而行手术治疗后，大多数能体验到生活质量的提高。