目前尚无根治疗法。支持疗法和对症治疗十分重要。
1、一般治疗：病变活动期应住院休息治疗。注意加强营养、纠正代谢紊乱、改善贫血和低蛋白血症状。
2、柳氮磺胺吡啶是轻度和中度克罗恩病的主要治疗用药：开始剂量1.O克，4次／日，口服；维持量为O.5克，4次／日，口服。
但有一定副作用，如白细胞减少、皮疹、肝功能损害等，应密切观察。研究发现，与糖皮质激素合用可提高疗效。
3、抗菌药物：如有继发感染或合并盲袢综合征，可给予氨苄西林或氯唑西林1.5-2.O克，4次／日，口服；也可应用庆大霉素8万单位，2次／日，肌注。最新报道，有人用甲硝唑治疗急性期克罗恩病有效，剂量为O.2-O.4克，3次／日，口服。也有人采用替硝唑治疗，效果满意。
注意本药不宜长期应用，以免发生副作用。
绝大多数患者经治疗后，可获得某种程度的康复。发病15年后约半数尚能生存。急性重症状病例常有严重毒血症和并发症，预后较差，近期死亡率为3-10%左右。近年来发现克罗恩病的癌变率也较高，尤其是大肠癌、皮肤癌及淋巴瘤。发病久者应该每年做肠窥镜检查。
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