克罗恩病发作时的症状比较多样，与肠内病变的部位、范围、严重程度、病程长短以及有无并发症有关。典型病例多在青年期缓慢起病，病程常在数月至数年以上。活动期和缓解期长短不一，相互交替出现，反复发作中呈渐进性进展。少数急性起病，可有高热、毒血症状和急腹症表现，多有严重并发症。偶有以肛旁周围脓肿、痰管形成或关节痛等肠外表现为首发症状者。
本病主要有下列表现。
(一)腹泻常见(70%~90%）。多数每日大便2~6次，一般无脓血或粘液;如直肠受累可有脓血及里急后重感。
(二)腹痛常见(50%-90%)。多位于右下腹，与末端回肠病变有关。餐后腹痛与胃肠反射有关。肠粘膜下炎症刺激痛觉感受器，使肌层收缩，肠壁被牵拉而剧痛浆膜受累、肠周围脓肿、肠粘连和肠梗阻、肠穿孔和急性腹膜炎以及中毒性巨结肠等均能导致腹痛。以急性阑尾克罗恩病为首发症状的仅占1.8%,但克罗恩病病程中出现一般急性阑尾炎的可达14%~50%。
(三)发热占5%-40%。活动性肠道炎症及组织破坏后毒素的吸收等均能引起发热。一般为中等度热或低热，常间歇出现。
急性重症病例或伴有化脓性并发症时，多可出现高热、寒战等毒血症状。
(四)腹块约1/3病例出现腹块，以右下腹和脐周多见。肠粘连、肠壁和肠系膜增厚、肠系膜淋巴结肿大、内瘘形成以及腹内脓肿等均可引起腹块。易与腹腔结核和肿瘤等混淆。
(五)便血与溃疡性结肠炎相比，便鲜血者少，量一般不多。
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