新生儿肺动脉高压通过规范治疗多数可有效控制，存活时间与病情严重程度及治疗反应密切相关。治疗方法主要有靶向药物治疗、呼吸支持、病因治疗、手术干预、综合管理。
西地那非、波生坦等血管扩张剂可选择性降低肺动脉压力。需在新生儿重症监护室严密监测下使用，部分患儿需长期维持治疗以延缓疾病进展，用药期间需定期评估心功能及药物不良反应。
高频振荡通气或一氧化氮吸入可改善氧合状态，降低肺血管阻力。严重病例需体外膜肺氧合支持，呼吸机参数需根据血气分析动态调整，避免过度通气导致脑血流灌注不足。
针对早产儿肺发育不良者需补充肺表面活性物质，先天性膈疝患儿需急诊手术修复。感染因素需根据药敏结果选用敏感抗生素，持续肺动脉高压新生儿需纠正酸中毒和低体温等诱因。
动脉导管未闭结扎术、房间隔造口术可减轻右心负荷。合并复杂先心病者需分期矫治，部分终末期病例可考虑肺移植，但手术风险随病情严重程度显著增加。
维持血细胞比容在40%-45%以优化携氧能力，控制液体入量减轻心脏负荷。持续心电监护观察心律失常，通过母乳强化喂养改善营养状态，必要时采用镇静措施减少氧耗。
患儿出院后需定期随访心脏超声和六分钟步行试验，居家护理需保持环境温度恒定在24-26℃，避免二手烟暴露。喂养时采取少量多次方式防止呛咳，接种疫苗需避开急性发作期。父母应学习血氧监测仪使用方法和急救措施，发现呼吸频率超过60次/分或指氧饱和度低于90%需立即就医。早期开展康复训练有助于改善运动耐力，心理支持对长期带病生存患儿尤为重要。
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