十二指肠闭锁通过手术矫正通常能治愈，患儿长期存活率可达90%以上。预后主要与手术时机、并发症管理、营养支持、伴随畸形、术后随访等因素相关。
出生后24-72小时内实施肠吻合术是治疗关键。早产儿或低体重儿需先稳定生命体征，延迟手术不超过7天可降低死亡率。产前超声确诊者应在具备新生儿外科的医院分娩。
术后需重点监测吻合口瘘、吸入性肺炎等并发症。约15%患儿出现胆汁性呕吐提示肠梗阻复发，需二次手术。长期随访中注意反流性食管炎和消化吸收不良。
术后需全肠外营养4-6周，逐步过渡到深度水解配方奶喂养。存在短肠综合征者需补充中链甘油三酯和脂溶性维生素，约5%患儿需要终身营养支持。
合并21三体综合征或先天性心脏病者死亡率增加3倍。心脏畸形需优先处理，约30%患儿存在环状胰腺等消化道畸形需同期矫正。
术后1年内每3个月评估生长发育曲线，监测血常规和微量元素。学龄期注意神经发育评估，长期生存者中80%能达到正常生活质量。
十二指肠闭锁患儿术后需坚持少量多餐喂养方式，选择高热量配方奶粉有助于追赶生长。定期进行胃肠动力评估和营养状态监测，避免过度限制饮食导致营养不良。康复期可进行温和的腹部按摩促进肠蠕动，但需避免剧烈运动造成肠粘连。建议建立包含新生儿外科医生、营养师和康复医师的多学科随访团队，每半年进行系统性发育评估。对于合并染色体异常的患儿，应早期介入认知训练和语言刺激治疗。
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