新生儿复杂性先天性心脏病多数可通过手术改善预后，存活时间与畸形类型、治疗时机及术后管理密切相关。主要影响因素有心脏畸形严重程度、是否合并其他异常、手术技术成熟度、术后并发症防控以及家庭护理水平。
法洛四联症、大动脉转位等常见复杂先心病经根治术后5年生存率可达85%以上，而单心室等极重度畸形需分阶段手术，长期存活率约60-70%。心脏结构异常的复杂程度直接影响手术难度与远期效果。
出生后72小时内干预的危重患儿存活率显著提高。部分需在新生儿期完成动脉导管支架植入等姑息手术，为后续根治创造条件。延迟治疗可能导致不可逆肺动脉高压或心力衰竭。
体外循环下根治术、Norwood分期手术等现代技术使90%复杂先心患儿存活至成年。达芬奇机器人辅助手术可减少创伤，但需评估血管条件是否符合指征。
约30%患儿术后需长期服用利尿剂或抗凝药。定期心超监测、预防感染性心内膜炎、控制肺动脉压力是延长生存期的关键。术后1年内再干预率约15-20%。
居家需维持适宜温湿度，避免剧烈哭闹。母乳喂养时采用少量多次方式，监测体重增长曲线。接种疫苗需避开免疫抑制剂使用期，接触呼吸道感染者需立即隔离。
建议选择具备新生儿心脏外科中心的医院就诊，术后每3个月复查心脏超声与心电图。日常注意观察口唇发绀、喂养困难等异常，避免高原旅行与潜水等高压环境。营养支持可补充富含左旋肉碱的配方奶粉，康复期在医生指导下进行被动肢体活动促进心肺功能发育。多数存活至学龄期的患儿可正常入学，但需避免竞技性体育运动。
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