食道闭锁可能由胚胎发育异常、遗传因素、环境因素、血管异常及多系统畸形等原因引起。
食道闭锁最常见的原因是胚胎期食道与气管分离障碍。正常情况下，妊娠第4周原始前肠会分化为食道和气管，若这一过程受阻，可能导致食道形成盲端或与气管异常连通。这种发育缺陷约占先天性食道闭锁病例的85%，常伴随气管食管瘘。
部分病例与染色体异常相关，如18三体综合征、21三体综合征等。研究显示FOXF1等基因突变可能影响食道发育。有家族史者发病率较普通人群高3-5倍，但明确遗传模式仅占10%左右。
妊娠早期接触致畸物质可能干扰食道形成。包括母亲糖尿病未控制、吸烟、酒精摄入，以及风疹病毒、巨细胞病毒感染等。动物实验证实维甲酸过量可诱发类似畸形。
食道血供发育异常可能导致局部缺血坏死。胚胎期主动脉弓发育异常可能压迫食道，影响其管腔形成。这类情况常合并心脏畸形，如法洛四联症、室间隔缺损等。
约50%病例合并其他器官畸形，构成VACTERL联合征脊椎、肛门、心脏、气管食管、肾脏、肢体畸形。这类复杂畸形提示早期中胚层发育紊乱，需进行全身系统评估。
确诊新生儿食道闭锁需立即禁食并留置胃管，通过造影检查明确分型。手术重建是唯一根治方式，术后需注意吻合口瘘、狭窄等并发症。哺乳期母亲应补充叶酸等营养素，避免接触致畸物。患儿康复期建议采用稠厚食物喂养，保持45度半卧位姿势，定期随访生长发育指标。对于合并其他畸形的患儿，需要多学科协作制定个体化管理方案。
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