食道闭锁的严重性主要由先天性发育异常、合并气管食管瘘、并发症风险、喂养困难及多系统畸形等因素决定。先天性食管闭锁是胚胎期食管发育中断所致，约50%病例合并其他先天性畸形。
妊娠第4周原始前肠分化异常导致食管与气管分离失败。这种发育缺陷可能由HOXD13基因突变或维甲酸信号通路紊乱引起，造成食管近端盲袋与远端气管异常连接，严重者出现Ⅲ型闭锁近远端间距大于2厘米。
约85%病例伴随气管食管瘘Gross分型Ⅲ型最常见，瘘管导致胃液反流至肺部引发化学性肺炎。瘘管直径超过3毫米时，新生儿可出现进行性呼吸窘迫，需在48小时内急诊手术。
近端食管盲袋积聚唾液易误吸，新生儿表现为口吐泡沫、呛咳及血氧饱和度下降。胸片显示双肺浸润影，严重者需机械通气支持，术后仍有25%患儿出现慢性肺疾病。
完全性闭锁患儿无法经口喂养，72小时内即出现脱水及低血糖。术前需持续胃管减压联合肠外营养，术后吻合口狭窄发生率约15%，需多次食管扩张治疗。
50%合并VACTERL联合畸形脊椎、肛门、心脏等，其中心脏畸形如室间隔缺损最危险。复杂先心病患儿手术死亡率高达40%，需多学科团队协作处理。
对于确诊患儿应立即禁食并抬高床头30度，术前通过超声心动图评估心脏畸形，术后需长期随访吞咽功能。母乳喂养者建议添加稠化剂减少误吸，康复期进行食管测压评估蠕动功能。定期监测生长发育曲线，2岁前每3个月复查食管造影，警惕吻合口狭窄或胃食管反流导致的继发性呼吸系统问题。
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