牙齿涂氟可能出现短暂牙齿敏感、黏膜刺激等副作用，但通常较轻微且可自行缓解。牙齿涂氟的副作用主要有氟斑牙、牙龈刺激、短暂味觉异常、过敏反应、氟中毒等。
长期过量使用含氟制剂可能导致牙釉质表面出现白色斑点或褐色条纹，即氟斑牙。这与儿童牙齿发育期摄入过量氟有关，建议6岁以下儿童严格控制涂氟频次，每年不超过2次。若已出现氟斑牙，可通过树脂渗透或瓷贴面修复改善外观。
涂氟后可能出现牙龈短暂红肿，多因氟化钠凝胶接触软组织导致。操作时使用吸唾器隔离牙龈可降低风险，出现刺激症状可用生理盐水漱口缓解。严重者需使用复方氯己定含漱液预防感染。
氟保护漆可能引起口腔短暂苦味或金属味，通常30分钟内消失。建议涂氟后2小时内避免进食，期间可饮用清水加速味觉恢复。对味道敏感者可选无味氟化泡沫替代。
极少数对氟化物过敏者可能出现唇部肿胀或皮疹，需立即用清水冲洗并口服氯雷他定片。既往有氟过敏史者应提前告知改用硝酸银等其他防龋制剂。
误吞大量氟凝胶可能引发恶心腹痛等急性氟中毒，需立即就医洗胃。儿童涂氟时应使用橡皮障隔湿，成人单次涂氟量不超过0.5ml氟化钠溶液可有效预防。
涂氟后4小时内避免刷牙或使用含酒精漱口水，当天宜选择温软食物。定期口腔检查可评估氟化物累积情况，建议儿童每半年、成人每年进行一次涂氟。出现持续牙龈出血或牙齿疼痛需及时复诊，孕妇及肾功能不全者涂氟前需专项评估。
