头痛患者选择CT还是核磁共振需根据病情决定，疑似急性出血、颅骨损伤时优先CT，排查脑肿瘤、脑血管病变时建议核磁共振。
CT检查利用X射线快速成像，对急性脑出血、颅骨骨折等病变敏感度高，检查时间仅需5-10分钟，适合突发剧烈头痛伴呕吐、意识障碍等急诊情况。但CT对软组织分辨率有限，难以发现早期脑梗死或微小肿瘤。核磁共振通过磁场和射频波生成三维图像，能清晰显示脑实质、血管及神经结构，对脑炎、脱髓鞘疾病、垂体瘤等检出率显著优于CT，但检查需15-30分钟且对体内金属植入物患者存在禁忌。两者均可发现脑动脉瘤，但核磁共振血管成像无须注射造影剂。
当头痛伴随视力变化、肢体无力等神经系统体征时，核磁共振能更早发现脑干、小脑等后颅窝病变。CT对钙化灶显示更直观，适合排查甲状旁腺功能异常引起的头痛。儿童及孕妇应尽量避免重复CT检查，核磁共振无电离辐射但需保持长时间静止，幽闭恐惧症患者可能需镇静辅助。
头痛患者检查前应详细告知医生病史与过敏史，避免佩戴金属物品。检查后多饮水促进造影剂排泄，保持充足休息。若头痛持续加重或出现新发症状，应及时复诊调整检查方案。
