肾结石的症状取决于结石的大小，引起梗阻的程度和有无继发感染。在肾孟中不活的结石而又无感染时，可长期无症状，甚至结石已引起肾功能不足时还无自觉症状，只在摄腹部X线照片时偶然发现。
但大多数患者有症状。
疼痛和血尿是肾结石的主要症状。约75%肾结石患者有腰痛。结石较大，在肾盂中移动度较小时，疼痛多为钝痛，有时是隐痛结石小，在肾盂内移动度大时。容易引起肾盂输尿管联接部的梗阻而出现肾绞痛肾绞痛是一种突然发生的严重疼痛，从腰部开始，沿输尿管向下放射至膀胱。痛呈阵发性，一般持续数分钟，亦可长达数小时，并有恶心
呕吐，有时病人面色苍白，大汗淋漓，呈虚脱状态。血尿是第二个重要症状，疼痛和血尿相继出现是肾和输尿管结石的特点;尤其是体力活动较多时，如劳动、运动、骑马和乘车时突然发生疼痛和血尿。
但血尿一般较轻，有时肉眼不能看出，但几乎每个病例都能在显微镜下见到从少数到多数红细胞，因此尿的显微镜检查很重要。
一部分患者在临床上并无结石病的典型疼痛及血尿，而因泌尿系感染的症状就医。在这一类患者中如不追究引起感染的原发病因，不做泌尿系平片及静脉泌尿系X线造影检查，就容易忽略结石的存在。
肾结石患者偶有排出结石或小砂粒的病史，这就有助于诊断。双侧肾结石引起梗阻或患者唯一的肾(例如另一肾已切除)发生梗阻，可出现急性无尿
有时由于肾一肾反射，一例肾结石可引起对侧腰痛。单侧肾结石梗阻也可以引起急性无尿
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