原因不明性不孕症除一部分是延迟受孕外，绝大多数是有原因的，只是迄今为止尚无科学定论。而造成这一状态的原因，首先是科学至今对人类生殖过程的许多环节还未能认识。例如，至今无理论可以确定女性正常排卵的全过程，也不能说明输卵管是如何完成拾卵的，对于受精着床的机制也还有许多空白；其次，虽然临床上对生殖系统外观形态学的诊断较为容易些，但对其功能方面的诊断依旧很困难。
如，通过输卵管的检査可以了解其通畅与否，有无粘连等，但不能了解其功能状态。对黄体功能不健的诊断至今也无明确、实用的组织学或内分泌学标准。尤其是对免疫性不孕的问题，近年虽给予了较多的关注，但仍有许多问题以待解决。对精子、卵子、胚胎的质量诊断大多也只能局限于实验室，难以在临床开展。凡此种种都给不孕原因的发现带来困难。
但原因不明性不孕的原因还并不是真不可知，而是可知的，这其中包括未来可知和现在可知两个部分。
未来可知是指随着对生殖过程研究的不断深入和医学科学的不断发展及新技术、新设备的临床应用，目前未知的病因将会被发现；现在可知是指通过更全面细致的病史采集和必要的临床和实验室检査就能发现的病因。故女性不孕者要增强信心，利用科学手段进行不孕的诊断鉴别，争取早日治愈。
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