肝硬化发生肝癌的机会比其他人高出100~200倍，而甲胎蛋白是目前肝癌诊断中特异性最强、敏感性最高的一项血清学检查方法。
在肝癌患者，约有50%~80%的血清甲胎蛋白含量高达300μg/L以上，是原发性肝癌的早期诊断指标之一。
肝硬化病人定期复查甲胎蛋白，能够协助早期发现肝癌，以便及时治疗。甲胎蛋白的升降还可以用来判断肝癌预后或手术及各种抗癌治疗效果观察的指标：确诊肝癌后采取手术切除或各种治疗措施，甲胎蛋白大幅度下降说明治疗有效，若下降后再次升高，则预示肝癌有复发、转移迹象。
还有一些良性肝病如急性肝炎、慢性肝炎等，在肝脏炎症活动时，肝细胞处于损伤、修复和再生的过程，甲胎蛋白会升高，但浓度一般不太高，多低于200μg/L，且随着肝炎的好转，甲胎蛋白亦随之下降，进而逐渐恢复正常。甲胎蛋白是监测肝癌的良好指标，尤其对小肝癌的早期诊断获益非浅，但临床实践是错综复杂、千变万化的。当然，单凭甲胎蛋白增高，就贸然作出肝癌的诊断也是不妥当的，一定要结合病史、症状，及各项化验和影像学资料综合分析，才能做出正确的诊断。
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