灰指甲的病因主要是真菌感染，因此在诊断时除了主要根据临床表现，还要进行病甲的真菌学检查。甲的真菌学检查包括直接镜检和真菌培养，直接镜检只能了解有无真菌存在，培养可以确定真菌的菌种。甲真菌学检查的第一个环节是病甲标本的采集，这一环节是相当关键的，只有采集到甲真正受到损害的部位进行检查，才有可能明确诊断。
不同临床类型灰指甲的标本采集部位和要求也不相同。远端甲下型损害在取标本时，应先去除取标本部位一碰就掉下来的甲屑，然后再用刀片或刮匙从病甲上刮下一些碎屑。直接镜检和真菌培养时需要的是碎屑，因此，在取标本时尽量刮取较细的碎屑，标本不够细碎时，可将采集的病甲碎屑进一步碾碎。一般不采取剪下病甲送检的方法，剪下后获得的整个甲板厚度不易磨碎，其中包括很多坏死组织，不易检查。
近端甲下型损害在获取标本时，应先除去表面无病变的甲，然后用刀或甲钻小心地获得深部的病甲组织。
取标本时，不要只局限在一个部位，应多点取标本，碾碎后行真菌学检查。
在进行病甲真菌培养前，病甲应先用医用酒精进行擦洗，除去甲表面的杂菌和污物，然后再刮取标本进行培养。
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