乙肝患者的自身免疫状况是影响乙肝患者预后的重要因素，当人体免疫功能低下，病毒得不到彻底清除，肝细胞不断地受到一定程度的损害，则表现为慢性迁延性肝炎，一般预后较好，但可能发展为慢性活动性肝炎，则预后不良。
乙肝患者免疫功能低下，抗体形成不足，不能有效地中和循环中的乙肝病毒，细胞毒性T细胞不能彻底消灭和消除肝细胞内的乙肝病毒，还由于抑制性T细胞功能也低，无法阻止乙肝病毒和肝细胞膜结合产生肝细胞膜特异性抗体，导致肝细胞持续受损；另外大量抗原抗体复合物的形成，使肝细胞和其他器官、脏器遭受更为严重、更为持久的损害，则表现为慢性活动性肝炎。慢性活动性肝炎往往可以发展为肝硬化、肝癌，预后较差。
乙肝患者免疫功能严重失调，初期特异性细胞免疫反应增强，对大量入侵的乙肝病毒和感染的肝细胞发生强烈的免疫反应，造成大量肝细胞坏死。随之细胞免疫功能衰竭，非特异性免疫反应降低；T、B细胞免疫功能失调、血清抑制因子、中分子物质的聚集，内毒素血症和微循环障碍等多因素的交叉系统作用，导致肝脏大块坏死、萎缩，乙肝患者表现出血、昏迷，即发展成为重症肝炎，死亡率较高，预后较差。
乙肝患者免疫功能发生耐受或麻痹，虽肝细胞里有乙肝病毒在复制，而机体却缺乏有效的免疫反应，肝细胞没有或仅有轻度损伤，则表现为慢性无症状的带毒者，一般预后尚可。
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