感染的治疗是再生障碍性贫血患者支持治疗的重要组成部分，对所有中性粒细胞减少的患者，出现发热时应在细菌鉴定结果报告前就开始经验性治疗。
各根据病情选用抗细菌药物及抗真菌药物治疗。
治疗指南通常开始就联合应用具有协同效应的抗生素，如一种氨基糖苷类联合一种β-内酰胺酶青霉素类药物，确切的选择依赖于当地医院微生物学敏感和耐药情况。如果中性粒细胞减少患者持续发热，建议应用抗真菌药物。如果患者曾有真菌感染，或确诊、疑诊为真菌感染，建议应用一线抗真菌药物治疗。对可能需要进行长期治疗的再生障碍性贫血患者，建议早期应用两性霉素或新的抗真菌药物如伏立康唑或卡泊芬净进行抗真菌治疗，避免严重真菌感染不能控制。对重型再生障碍性贫血患者，建议将肺浸润或窦道感染作为疑似真菌感染的指征。
由于不能通过检查白细胞计数来判断再生障碍性贫血患者的感染情况，对新发或持续发热的再生障碍性患者，如果临床高度怀疑感染，建议应用高分辨率CT扫描进行胸部X线检查。
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