肾病综合征患者长期大剂量使用激素会发生很多药物不良反应，给患者带来很多痛苦，常见的不良反应有以下几种。
感染
感染是激素治疗过程中最常见的不良反应，感染贯穿肾病综合征的起病、预后及复发的全过程，及时预防和治疗感染至关重要。感染大部分以呼吸道感染为主，研究表明，反复的感染容易诱发肾脏疾病，早期预防和控制感染是治疗肾病综合征的关键。
长期大量激素的使用降低患者的免疫抵抗力，从而使感染的可能性增加，肾病综合征的复发率也增高。
糖、蛋白质代谢异常
长期应用可致血糖升高，甚至出现糖尿病，蛋白质分解增多，负氮平衡。还可抑制生长素的分泌而导致生长缓慢(新生儿)，肌无力，易疲劳，肌萎缩及伤口愈合困难。消化系统反应使胃酸、胃蛋白酶分泌增加，抑制胃粘液分泌，故可诱发胃及十二指肠溃疡，严重可致消化道出血、穿孔。极少数病人可引起脂肪肝或胰腺炎。
高血压及动脉硬化
长期应用激素可引起高血压及动脉硬化。近年来激素、免疫抑制剂等综合治疗方法的使用，使肾脏性疾病的症状得到明显的改善。
肾病综合征容易导致血液呈高凝状态，血流速度减慢，容易发生血栓，尤其在肾微血栓的形成时，不但肾小球滤过率降低，肾小管的重吸收蛋白等物质的功能也会减弱，激素应用的疗程要延长。因此，在应用激素的同时，积极纠正肾病综合征患者血液的高凝状态，不仅预防血栓的发生，还能提高激素的疗效。
急性肾上腺皮质功能不全
长期大量使用激素，可抑制肾上腺皮质功能，甚至使腺体萎缩，激素分泌量大为减少。突然停药后，皮质不能分泌足量的激素供机体需要，特别是在应激状态下而发此病。临床表现突然发生头痛、头昏、恶心、呕吐、心动、过速、休克、低血糖昏迷等。
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