儿童再生障碍性贫血是一种严重危害儿童健康，甚至会对儿童生命造成威胁的疾病，而引起死亡的重要原因之一为感染，感染后患儿主要症状为发热，因此有效控制感染，减轻患者发热是保证儿童再生障碍性贫血患者生命的关键。
对于已经发生感染或有感染危险的儿童，应进行保护性隔离，防止交叉感染，同时应加强其口腔及皮肤的护理，每天用漱口液漱口，每天清洗皮肤，并且大便后用消毒液清洗肛门。
以上措施可在一定程度上防止患儿再次进行感染，但是及时进行治疗才是重中之重，对于那些感染后出现高热、咽喉炎、口腔黏膜炎、肺炎等症状的患儿，应及时进行广谱抗生素的用药治疗，应选择那些对致病菌有效病情不影响造血功能的药物，如青霉素类、头孢菌素类。
进行西药治疗的同时，还可辅以中药治疗，以从整体上对疾病进行控制，对高热患儿，可选用犀角地黄汤加减，其常用药为水牛角、生地、白芍、丹皮、丹参、金银花、连翘、白花蛇舌草、竹叶、生石膏等；而反复低热者可选用左归丸合二至丸加减，常用药为生地、桑葚、枸杞子、何首乌、女贞子、旱莲草、山药等。
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