生殖器疱疹患者HSV原发感染中80铂-90吭为隐性感染，初次感染恢复后大多数转为潜伏感染，显性感染只占少数，初次发病可分为原发感染与非原发感染。原发性生殖器疱疹潜伏期较短，一般为2-10天，平均5天。发病时及发病前期患者可有头痛、肌肉酸痛、发热、乏力等全身症状，有时伴排尿困难和白带增多。患病部位先有烧灼感，出现一个或多个红色小丘疹，伴有瘙痒，迅速变成小水疱，内含淡黄色渗液，3-5天后多个成群水疱可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛，最后结痂愈合。大多数男女病人双侧腹股沟淋巴结肿大、压痛。一般全身症状可持续一周，整个发病过程约6周左右，痊愈后仍存在复发的可能。
感染HSV-2型感染者约60%可复发，感染HSV-1型者约15%复发，第一年可复发4-6次，以后复发次数逐渐减少。男性多发于龟头、尿道口、阴囊等处，可并发淋巴管、淋巴结炎和精囊炎。女性多发于外阴、阴唇、肛周、子宫颈等处，阴道黏膜较少累及，偶尔并发阴道炎、宫颈炎，会出现白带大量增多，阴道大量排液。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、尿频、尿痛、严重者可发生急性尿潴留，疱疹病毒还可以经血行播散，引起脑炎、脑膜炎。部分患者在生殖器出现疱疹后的第2周左右伴有生殖器以外的病损，如臂部与手指。HSV直肠炎多见于有肛交行为的同性恋男性及异性恋女性患者，此外艾滋病患者可发生广泛的肛门疱疹或直肠炎，表现为严重肛门、直肠疼痛、分泌物过多，发热、里急后重等。新生儿生殖器疱疹，皮损看上去并不严重，仅1-2个水疱，部分患儿感染后没有皮损，表现为神经系统症状或败血症，死亡率很高。
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