尖锐湿疣应与扁平湿疣、传染性软疣、鲍温样丘疹病、珍珠状阴茎丘疹病、皮脂腺异位症、皮脂腺增生、女性假性湿疣、生殖器癌等疾病相鉴别。
(1)扁平湿疣：为二期梅毒的一种表现，皮损为顶端扁平的片状潮湿隆起，基底窄无蒂，表面扁平而糜烂，损害内可查到梅毒螺旋体，梅毒血清学反应阳性。
(2)传染性软疣：皮疹为粟粒至绿豆大半球形丘疹，表面有蜡样光泽。单个不融合，中央有脐窝，周围光滑。
(3)鲍温样丘疹病：本病为原位癌，可由尖锐湿疣发展而来。多见于40岁以下性活跃的人群。主要分布在大阴唇、小阴唇、肛周，表现为多发性淡红色或棕红色小丘疹，排列成线状或环状，发展缓慢，组织学上类似鲍温病样改变。
(4)阴茎珍珠状丘疹病：青壮年多见，为环绕阴茎冠状沟部可见珍珠状，白色、黄色或红色的圆锥状、球形或不规则的半透明丘疹，沿冠状沟排列成一行或几行。互不融合，无自觉症状。
(5)皮脂腺异位症：为针头大小的、孤立的、无重叠生长的黄白色小丘疹，位于黏膜内。
(6)女性假性湿疣（又称多毛状小阴唇)：多发于20～30岁性外阴，尤其小阴唇内侧和阴道前庭出现群集不融合的鱼卵样小丘疹，有些亦呈息肉状。白色或淡红色，表面光滑无自觉症状，触之有颗粒感或柔软感，多有白带增多等症状，与长期阴道分泌物刺激有关。发白试验阴性。
(7)生殖器鳞状细胞癌：多见于中年后，呈外向性生长向深部浸润明显，可形成溃疡并发感染，性质坚硬，易出血，有恶臭，组织病理显示由不同比例的正常鳞状细胞和间变鳞状细胞构成的瘤团。
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