食管癌的发病有明显的家族聚集现象。在食管癌高发区，连续3代或3代以上出现食管癌患者的家族屡见不鲜。在我国山西、山东、河南等省的调查发现，有阳性家族史的食管癌患者占1/4～1/2，高发区内阳性家族史的比例以父系最高，母系次之，旁系最低。由高发区移居至低发区的移民，即使在百余年以后，其发病率也相对较高。
此外，居住环境也影响到食管癌的发病，现已发现，高发区内与家族共同生活20年以上的食管癌患者占l/2。遗传和环境因素对食管癌发病的影响可能是分子水平上的变化。研究发现，在某些癌症高发家族中，常有抑癌基因，如p53的点突变。在这类人群中，如有后天因素引起另一条等位基因的突变，则会造成癌基因的异常表达而形成癌肿。近年来的资料显示，食管癌患者中确实存在癌基因和抑癌基因的突变。
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