原发性生殖器疱疹的并发症如下：
(1)脑膜炎：常见于原发性生殖器疱疹的女性患者，HSV-1及HSV-2型均可引起这种并发症，但以HSV-2型常见，可能通过血行播散所致。常在出现疱疹性损害的1周内发病。表现为发热、剧烈头痛、呕吐、畏光及颈部疼痛，脑脊液检查显示细胞数显著升高、蛋白量轻度升高、糖和氯化物正常。
(2)脑炎：常见于新生儿播散性HSV感染，也可见于其他年龄组。常因局部脑细胞坏死及炎症细胞浸润而出现同侧偏盲或偏瘫。有时确诊较难，须经脑扫描、脑电图或开颅术后方能确诊。这种并发症若不及时治疗，死亡率很高，恢复后多留有后遗症。
(3)骶神经根炎及脊髓脊膜炎：常见于原发性生殖器疱疹患者，同性恋者，可能是因骶神节部位的病毒局部播散，引起邻近脊膜、脊髓和神经根炎症所致。好发于S2及S3神经根及相应的脊髓段。表现为发热、头痛、背痛、后腿痛、虚性脑膜炎、暂时性阳痿、小便困难、大小便失禁、小便潴留及局部感染障碍等。
背部及后腿痛较明显，犹如长途跋涉后的感觉。小便困难常在生殖器疱疹性损害出现4-7天后发生，患者虽然有排小便的欲望，但等了好长一段时间还排不出来，就是会排出小便也是滴沥不尽。这种现象可持续3-7天，然后慢慢减轻，个别患者可发生尿潴留及膀胱张力丧失，持续10-14天局部感觉障碍好发于生殖区皮肤及臀部皮肤，表现为感觉过敏或麻木。
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