生殖器疱疹是所有性病中复发频率最高的一种性病，生殖器疱疹的并发症与局部扩散及病毒播散到生殖器外部位有关，可导致很多并发症，对身体产生极大的危害。
原发性生殖器疱疹可以引起播散性疱疹、无菌性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓炎、结膜炎、上泌尿道感染、播散性皮肤感染、关节炎等一系列并发症。在艾滋病流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。生殖器外损害最常见的部位是臀部、腹股沟、大腿部，也可累手及眼部。在原发性HSV-2感染患者，约9%可呈现生殖器外损害；在原发性HSV-1感染患者，25%呈现生殖器外损害，出现在生殖器损害开始后，常常在疾病的第二周。
部分生殖器疱疹病毒HSV-1可经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV-2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内。如机体受到创伤、高热、劳累、月经来潮等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎、脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症。另外，生殖器疱疹常与其他性传播疾病如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、阴道念珠菌病及阴道毛滴虫病等混合感染，在诊治中应该加以重视。
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