原发性生殖器疱疹是指患者生殖器初次感染HSV，血中无抗体。发病后的6～7天，局部症状逐渐加重，到7～11天时达最严重，2周后逐渐消退。皮损主要发生在外生殖器部位，如阴茎头冠状沟、尿道口、尿道内、阴茎体及阴囊等部位。原发性损害是少数或多数小红丘疹，有痒感，迅速变成小水疱。
水疱一般簇集，但也有散在者，一般边缘有红晕.有的只有基底浅红，甚至只有红斑而无水疱。3～5天后水疱发生糜烂或溃疡，并有剧烈的疼痛，溃疡的大小及形状有很大差异。溃疡可持续4-15天，直至结痂，出现上皮重新形成，黏膜损害不结痂。病损愈合后不留瘢痕者不常见。75%病人在病程中可发生新损害，新损害发生于病程的4～10天之间。从发生水疱到结痂平均10.5天，从发生损害到所有损害上皮重新形成平均16.5天。
1/3患者有尿道分泌物及排尿困难，尿道分泌物清，呈黏液状。排尿困难的严重程度与尿道分泌物的量不成比例。尿道拭子或清晨首次排空的尿液可分离到HSV。同性恋者可出现肛门直肠生殖器疱疹。
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