人类感染了HSV后，仅20%发展成典型生殖器疱疹，60%皮损不典型，20%完全无症状。首次发作后，可多次反复发作，以局限于外阴生殖器的皮损为主要临床表现，部分患者可伴有全身发热不适等，可通过血液或神经系统播散引起多脏器或中枢神经系统感染。
原发性生殖器疱疹指在第一次感染HSV后，首次发生的生殖器疱疹，患者无生殖器疱疹和口唇单纯疱疹的历史，血中不存在抗HSV抗体，特点是皮损重，持续时间长，或伴发全身症状。
潜伏期4～20天，平均6天，皮疹发作时往往有发热不适，头痛、肌痛等全身症状，外生殖器见成群丘疹和水疱，水疱很快变成脓疱并互相融合，持续4～15天后逐渐结痂愈不形成瘢痕，2/3患者在病程发展中不断有新皮损出现。
局部有疼痛烧灼感，瘙痒，排尿困难，男性尿道可见透明的黏液性分泌物，女性阴道也有较多黏液脓性分泌物，女性排尿困难症状重于男性，持续时间更长，局部症状1周内渐加重，7～11天达高峰，第2周后渐消退，从第2周起可见双侧腹股沟淋巴结肿大，触痛，质硬，不化脓，随皮损消退，肿大的淋巴结亦随之消退。
从水疱形成到结痂为病毒排放时间，男性平均2周左右，女性3周，部分患者在结痂期可能仍有病毒排放，需在局部创面完全愈合后才能恢复性生活。
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