乙肝小三阳导致发病原因一般是由于乙肝病毒所引起的，乙肝病毒免疫能力极强，在60℃的前提下都很难将其消灭，在100℃的高温下能生存7~8分钟左右。
乙肝病毒在肝脏细胞内成活、复制后。再排出到血液中，故不仅血流中病毒高负荷，并且肝脏的绝大多数肝脏细胞都被传染上。乙肝病毒自身并不直接引起肝脏细胞的加剧，只不过在肝脏细胞内生存、复制，其所复制的抗原表达在肝脏细胞膜上，作用人体的防御系统来辨认，并产生清除反应。
人体传染乙肝病毒后，因为机体免疫能力不同，从而病程开展也不同。若是机体的免疫能力健全，防御系统被激活后辨别乙肝病毒，攻击已传染病毒的肝脏细胞并清除之，这就造成了急性乙肝患者。
若是机体的免疫功能被激活，但处在低下状况，机体对已染上病毒的肝脏细胞反复攻击，可是又不能全部清除之，造成肝组织慢性炎症频繁复发，这便是慢性乙肝小三阳；若是机体的免疫能力处在耐受状态，无法辨别乙肝病毒，故不攻击已感染病毒的肝细胞，病毒与人和平相处，这便是乙肝小三阳病原携带者。
小三阳患者的情况并不比大三阳简单；应根据具体情况进行综合分析。乙肝小三阳应检查HBV-DNA及肝功能，如果HBV-DNA（+）且肝功能异常，说明病毒复制，传染性强，存在病毒变异的可能，应该采取以抗病毒为主的综合治疗。
如果HBV-DNA（应采用pCR及斑点法同时检测；最好经肝活检证实）为（-）且肝功能、B超及AFp等均长期正常，则说明病毒已复制不活跃，传染性很低，所以已无需隔离与治疗。
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