新生儿缺铁性贫血主要由先天储备不足、喂养不当、生长发育需求增加、慢性失血及母体因素引起。
足月儿从母体获得的铁储备约可维持4-6个月需求，但早产儿、低出生体重儿或双胞胎因孕期铁转移时间缩短，出生时肝脾储铁量仅为足月儿的1/4-1/3。孕晚期是胎儿铁储备的关键期，妊娠28周后每日需从母体获取4毫克铁，早产将直接导致铁储备中断。
纯母乳喂养超过6个月未添加辅食是常见诱因。母乳含铁量仅0.3-1毫克/升，且吸收率约50%，而6月龄后婴儿每日需铁10毫克。过早引入未强化铁配方的牛乳会抑制铁吸收，牛乳中高含量的钙和酪蛋白会与铁形成不溶性复合物，其铁吸收率不足10%。
婴儿出生后1年内体重增长达出生时的3倍，血容量扩张需大量铁元素支持。每增加1公斤体重需35-45毫克铁，早产儿需求更高达60毫克/公斤。快速生长阶段未及时补充铁剂或强化食品，血红蛋白合成原料不足导致小细胞低色素性贫血。
新生儿胃肠道畸形如梅克尔憩室、肠息肉可引发隐匿性出血，每1毫升血液含0.5毫克铁，长期微量失血即造成铁负平衡。分娩时胎盘早剥、脐带结扎延迟导致的胎-母输血，可使新生儿损失高达100毫克铁储备。
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