病毒性脑膜炎多数可完全治愈，后遗症发生率低于5%。预后主要与病毒类型、治疗时机、患者年龄等因素相关，常见后遗症包括头痛、认知障碍、听力下降等。
肠道病毒如柯萨奇病毒引起的脑膜炎预后最佳，疱疹病毒如单纯疱疹病毒1型可能导致较严重神经损伤。西尼罗河病毒等虫媒病毒感染后遗症风险相对较高。
发病72小时内接受抗病毒治疗可显著降低后遗症风险。阿昔洛韦对疱疹病毒性脑膜炎效果明确，更昔洛韦适用于巨细胞病毒感染，早期使用可减少脑实质损害。
婴幼儿中枢神经系统发育不完善，可能出现语言发育迟缓等长期影响。老年人因血脑屏障功能减退，更易遗留注意力不集中等认知功能障碍。
急性期脑水肿控制不佳可能造成不可逆损伤，甘露醇等脱水剂需规范使用。癫痫发作超过3次者需长期服用丙戊酸钠等抗癫痫药物预防后遗症。
存在运动功能障碍时可进行Bobath疗法等神经发育训练，认知障碍建议采用计算机辅助认知康复。前庭功能异常需进行Brandt-Daroff习服训练。
康复期建议保持每日30分钟有氧运动如游泳或快走，地中海饮食模式有助于神经修复，重点补充ω-3脂肪酸深海鱼每周2-3次和抗氧化物质蓝莓、菠菜等。睡眠障碍者可尝试认知行为疗法，避免使用苯二氮卓类药物。定期进行脑电图和神经心理学评估，后遗症多在6个月内显现，1年后未出现症状者通常预后良好。出现持续头痛或记忆力减退需复查头颅MRI。
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