新生儿脑膜炎治疗周期通常为2-4周，实际恢复时间与感染病原体类型、并发症严重程度、治疗时机、患儿免疫状态及用药敏感性等因素相关。
细菌性脑膜炎需静脉抗生素治疗14-21天，如大肠杆菌感染疗程需满21天；病毒性脑膜炎症状较轻，多数7-10天自愈。结核性或真菌性感染需数月抗感染治疗。
合并脑积水、硬膜下积液等并发症时，需延长治疗至4-6周，部分需外科引流。惊厥持续状态或脑脓肿形成会显著延缓康复进程。
出生72小时内获得性感染如B族链球菌早期干预可缩短至10-14天；延误诊断会导致疗程延长，每延迟1天治疗，恢复期平均增加2-3天。
早产儿因血脑屏障发育不全，治疗周期比足月儿长3-5天。合并先天性免疫缺陷者需持续治疗至免疫功能重建。
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MRSA感染需改用万古霉素，疗效观察期延长3-5天。药敏试验结果直接影响抗生素调整周期。
治疗期间应维持母乳喂养以增强免疫力，保持病房环境洁净，每日监测头围及前囟张力。出院后需定期进行听力筛查、发育评估等随访，康复阶段可进行抚触刺激和被动运动训练，避免强光噪音刺激。出现喂养困难、嗜睡或体温波动需立即复诊。
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