新生儿病毒性脑膜炎多数可以治愈，预后与病毒类型、治疗时机和并发症有关。主要治疗方法包括抗病毒治疗、对症支持、并发症管理、免疫调节和营养支持。
针对特定病毒如单纯疱疹病毒，可使用阿昔洛韦等抗病毒药物。早期用药能显著改善预后，但需严格监测肝肾功能。巨细胞病毒感染可选用更昔洛韦，柯萨奇病毒等肠道病毒感染则以对症治疗为主。
控制颅内压常用甘露醇脱水，发热时采用物理降温或对乙酰氨基酚。惊厥发作需使用苯巴比妥等止痉药物。维持水电解质平衡需精确计算输液量，必要时进行呼吸支持。
脑积水需进行脑室腹腔分流术，听力损伤应早期干预。癫痫后遗症需长期服用丙戊酸钠等抗癫痫药，运动障碍需康复训练。严重病例可能出现智力发育迟缓。
静脉注射免疫球蛋白可中和病毒抗体，重症患者可考虑干扰素治疗。早产儿或免疫缺陷患儿需特别注意预防继发感染，必要时使用免疫增强剂。
母乳喂养提供免疫球蛋白，吞咽困难者采用鼻饲喂养。保证每日100-120kcal/kg热量摄入，补充维生素B族和锌元素。生长迟缓患儿需强化营养配方。
患儿出院后需定期进行神经发育评估，包括大运动、精细动作、语言和社会适应能力测试。建议每3个月复查脑电图和听力筛查，6个月进行头颅影像学随访。居家护理保持环境安静，避免强光刺激，喂养时注意体位防止呛咳。接触患儿前严格洗手，避免到人群密集场所。疫苗接种需按计划完成，特别注意接种肺炎球菌和流感疫苗。母亲需学习识别异常症状如拒奶、嗜睡或异常哭闹，发现异常及时返院复查。
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