甲型流感和乙型流感在病原体、流行特征和症状严重程度上存在差异，甲型流感病毒变异更快、季节性更明显，乙型流感症状通常较轻但可能引起儿童并发症。主要有病原体差异、传播方式差异、症状差异、并发症差异、检测手段差异。
甲型流感由H1N1和H3N2等亚型引起，其表面蛋白血凝素和神经氨酸酶结构易发生抗原变异。乙型流感病毒仅分Victoria和Yamagata两个谱系，变异速度显著低于甲型。病毒基因组的差异导致甲型流感更容易出现跨物种传播和大流行。
甲型流感可通过禽类和猪等动物作为中间宿主实现跨种传播，空气飞沫传播效率更高。乙型流感主要在人际间经呼吸道飞沫传播，动物宿主范围有限。甲型流感在密闭空间的爆发概率是乙型的数倍，养老院和学校等场所更易出现聚集性疫情。
甲型流感起病急骤，高热可达39-40摄氏度并持续3-5天，全身肌肉酸痛更显著。乙型流感体温多在38-39摄氏度，但消化道症状如恶心呕吐更常见。两者都会出现头痛、咳嗽等典型流感症状，甲型更易导致淋巴细胞计数下降。
甲型流感可能引发病毒性肺炎、心肌炎等严重并发症，慢性病患者危险系数较高。乙型流感在儿童中可能诱发瑞氏综合征或肌炎。两类流感都可能加重哮喘和慢性阻塞性肺病，但甲型流感住院率和ICU入住率明显更高。
甲型流感可通过快速抗原检测在15分钟内获得结果，但需要核酸检测确认亚型。乙型流感抗原检测灵敏度略低，病毒培养时间需要3-7天。两者的核酸检测都采用RT-PCR方法，但引物设计需区分甲型H1/H3亚型和乙型谱系。
预防两类流感都应接种三价或四价疫苗，疫苗成分每年根据WHO预测调整。出现症状后48小时内使用奥司他韦胶囊或扎那米韦吸入粉雾剂可缩短病程。日常需保持室内通风，接触呼吸道分泌物后及时洗手，高热期间建议卧床休息并补充足够水分。慢性病患者和孕妇出现气促、意识改变等预警症状时应立即就医。
