典型的强直性脊柱炎或晚期强直性脊柱炎的诊断并不困难，然而在强直性脊柱炎的早期或症状不典型时，常常需要与一些疾病相鉴别，以免发生误诊。
下面介绍三种容易与强直性脊柱炎相混淆的疾病，分别是类风湿性关节炎、椎间盘变性和青年期骶髂骨骺炎。
1.类风湿性关节炎
强直性脊柱炎最容易与类风湿性关节炎相混淆，两者具有很多共性，发病年龄大致相似，多为青壮年。但是类风湿性关节炎多见于女性，而强直性脊柱炎多见于男性，女性患者极为少见，两者发病方式、侵犯关节、初次发病部位等均有不同。
2.椎间盘变性
椎间盘变性也有部分症状与强直性关节炎相似，但是椎间盘变性常由外伤或者骨关节炎引起，因形成脊髓疝核而造成根性压迫症状。
疼痛部位沿坐骨神经分布，通常为单侧性，同侧可出现轻瘫伸腿抬高试验为阳性，常出现异常神经反射。
3.青年期骶髂骨骺炎
好发于青年男性，以胸腰段病变为主。颈椎和腰椎的生理前凸因代偿而增加，X线片见胸腰段的多数椎体呈现前窄后宽的锲型改变，而且其前后径增长。患者成年后，多数椎体前缘可见唇样骨质增生
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