目前乙肝的治疗上存在对抗病毒治疗的重要性及疗程认识不够。慢性乙肝的形成，最关键一点就是病毒不能被机体免疫系统清除而长期潜伏于体内，反复破坏肝细胞。引起血液中酶水平的升高，如谷丙转氨酶、谷草转氨酶等。酶的升高反映的是肝细胞受损，降酶治疗只是一种对症治疗，转氨酶降至正常也并不等于慢性肝炎治愈，病毒仍然潜伏于肝细胞内，随时可能引起再次明显肝损害及转氨酶升高。
治疗乙肝，最重要的是抗病毒治疗，只有把病毒抑制甚至清除，才能解决肝细胞反复受损、肝炎反复活动，转氨酶反复升高的现象。
抗病毒治疗的艰巨性和医学局限性，对于治疗慢性乙型肝炎，要树立只要有适应症就需要抗病毒治疗的基本观念，也要树立长期治疗，与病毒持久作战的观念，不可相信一些不负责任的医生宣扬的所谓特效疗法。急性乙肝是一种自限性疾病，其自然阴转率在90%以上，而慢乙肝表面抗原很难阴转，自然阴转率在1～3%，是需要长期治疗的。
符合抗病毒治疗的乙肝患者需行采用乙肝抗病毒治疗药物进行治疗，才能实现疾病的康复。
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