环磷酰胺是治疗系统性红斑狼疮一种常用药物，主要用于有重要脏器受累患者，但可产生胃肠道反应、骨髓抑制、性腺抑制、严重感染等不良反应，一定程度上限制了使用。
1、胃肠道反应：环磷酰胺引起的胃肠道反应中，恶心和呕吐最为常见，尤其是口服法或1次剂量超过1g/m2的冲击法更易引起。
2、骨髓抑制：环磷酰胺可造成患者出现白细胞、粒细胞、红细胞缺乏等骨髓抑制反应，骨髓抑制的程度与用药剂量及治疗周期有关。静脉使用环磷酰胺多为白细胞或粒细胞的一过性下降，严重者可发生白细胞明显减少和粒细胞缺乏。
3、性腺抑制：环磷酰胺可产生月经不调、闭经、卵巢功能早衰（40岁前绝经）及不育等性腺抑制反应，具有累积性和不可逆性，其毒性与患者的年龄和药物的累积剂量呈线性相关,患者年龄越小,药物累积剂量越少,毒性损害作用就相对越小。
4、严重感染：应用环磷酰胺还可发生呼吸道、消化道及泌尿生殖系统严重感染，病原体包括细菌、病毒、霉菌及原虫等。其中，皮肤带状疱疹是环磷酰胺短期冲击治疗的主要不良反应，其发病被认为与环磷酰胺的应用高度相关。
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