预防甲肝的最有效途径是接种甲肝疫苗。目前广泛应用的甲肝疫苗主要有甲肝灭活疫苗和减毒活疫苗两大类。由于制备原理的不同，两者在有效性和安全性等方面存在差异。
灭活疫苗
灭活疫苗是先对甲肝病毒进行培养，然后通过加热或化学剂浸泡将其灭活。灭活疫苗既可由整个病毒组成，也可由它的裂解片段组成为裂解疫苗。裂解疫苗的生产，是将微生物进一步纯化，直至疫苗仅仅包含所需的抗原成分，它既可以是蛋白质疫苗，也可以是多糖疫苗。结合疫苗是将多糖用化学方法与蛋白质连接而得到的疫苗，是较裂解疫苗更有效的疫苗。
灭活疫苗常需多次接种，接种1剂不产生具有保护作用的免疫，仅仅是“初始化”免疫系统。必须接种第2剂或第3剂后才能产生保护性免疫。接种灭活疫苗产生的抗体滴度随着时间而下降，因此需定期加强接种。
因为灭活疫苗安全稳定，是世界卫生组织推荐使用的疫苗之一。
减毒活疫苗
减毒活疫苗是指病毒经过甲醛处理后，毒性亚单位的结构改变，毒性减弱，但结合亚单位的活性保持不变的疫苗，也就是保持了抗原性的一类疫苗。将其接种到人体内，不会引起疾病的发生，但可以引发机体免疫反应，刺激机体产生特异性的记忆B细胞和记忆T细胞，起到长期或终生免疫保护的作用。
与灭活疫苗相比，减毒活疫苗免疫力强、作用时间长且价格便宜，但安全性是一个问题，有可能因发生逆行突变而在人体内恢复毒力，具有潜在的致病危险。所以在注射疫苗时，不要服用抗病毒药物，同时需要加强营养。
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