确诊原发性肾病综合征，首先必须与继发性肾病综合征相鉴别。
临床常见且需与本病鉴别的继发性肾病综合征主要有紫癜性肾炎、狼疮性肾炎、糖尿病肾病等。
1.紫癜性肾炎：紫癜性肾炎患者临床表现为皮疹、紫癜、关节痛、腹痛及便血等，又有血尿、蛋白尿、水肿、高血压等肾炎的特点。若紫癜特征表现不典型，易误诊为原发性肾病综合征。
2.狼疮性肾炎：狼疮性肾炎多见于20岁~40岁女性，患者大部分症状与原发性肾病综合征，不同的表现为患者多有发热、皮疹及关节痛。
3.糖尿病肾病：糖尿病肾病多发于糖尿病史10年以上的患者，可表现为肾病综合征，通过肾活检可明确诊断。
4.乙肝病毒相关肾炎：乙肝病毒相关肾炎患者可表现为肾病综合征，可通过肾脏免病理检查发现乙肝病毒抗原成分。
5.淀粉样肾病：淀粉样肾病患者早期可仅有蛋白尿，一般经3年~5年后出现肾病综合征，可依靠肾活检确诊。
6.恶性肿瘤所致的肾病综合征：由于各种恶性肿瘤均可通过免疫机制引起肾病综合征，甚至以肾病综合征为早期临床表现。因此对肾病综合征患者应做全面检查，排除恶性肿瘤。
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