目前对面肌痉挛的确切发病原因尚不清楚，多认为与面神经异位兴奋或伪突触传导有关。其诱发因素很多，可为内因也可为外因，大体可概括为以下4类。
首先，与面神经受到某种压迫而发生病理性传导有关，大部分患者发病与血管交叉压迫面神经有关，常见的血管包括小脑后下动脉、小脑前下动脉、椎神经动脉等等，另有少部分患者发病与动脉瘤、动静脉畸形或脑瘤等压迫面神经根部有关。
其次，一部分患者为特发性面神经瘫痪恢复后出现继发性的面肌痉挛，多发生在患侧，可能与面神经炎导致神经脱髓鞘的病理改变不能完全恢复，使面神经的电传导泛化有关，也可能与面神经炎累及脑干内神经核团，形成类似癫痫
病灶导致继发性面部肌肉抽动有关。再次，偶尔有外伤或肿瘤术后发生患侧面肌痉挛，可能与面神经的恢复过程中与其他脑神经纠缠有关，短路的神经兴奋时可带动患侧面部的肌肉抽动。
最后，从中医的角度看，面肌痉挛的发生与素体阴亏或体弱气虚有关，气虚引起阴虚、血少、筋脉失养，风寒上扰头面而致，病位虽在面部，实与肝、脾、肾、胆、胃等脏腑相关。
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