部分抗甲状腺药物可能会通过胎盘影响胎儿的脑发育，因此甲亢患者妊娠期间宜使用最小有效剂量的抗甲状腺药物，在尽可能短的时间内达到和维持血清FT4在正常值的上限。
丙基硫氧嘧啶与血浆蛋白结合比例高，胎盘通过率低，是治疗妊娠期甲亢的优先选择药物，有效剂量为50-100mg，每日三次口服，合并使用左甲状腺素常需增加抗甲状腺药物，一般不主张应用。
甲亢患者妊娠早期和晚期一般不宜手术，否则容易引起流产。如有效剂量抗甲状腺药物治疗效果不佳、患者对抗甲状腺药物过敏或者甲状腺肿大明显，需要大剂量抗甲状腺药物才能控制甲亢时可以在妊娠4-6个月考虑手术治疗。
为保证甲亢控制情况及母婴安全，治疗初期最好每2-4周检查甲状腺功能，以便及时调整药物剂量，以后延长至4-6周。
特别提醒的是，部分甲亢患者即使血清FT4达到正常后数周TSH水平仍可处于抑制状态，因此TSH水平不能作为治疗时的监测指标。
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