目前甲肝治疗尚存许多不合理的用药情况，据不完全统计，临床上有百分之二十到百分之三十甲肝患者病情加重，与不合理用药有关。不少病人因为误治、乱治以及“自治”导致病情加重。治疗甲肝合理用药需要掌握“三项基本原则”。
这“三项基本原则”是：
讲究安全性：治疗甲肝用药首先要强调安全性，甲肝患者病情变化多端，疗程漫长，单一用药难以达到治疗目的，现多采用联合治疗，用药安全是首要的。
追求有效性：使用药物治疗必须强调其有效性，所谓有效性必须是公认和明确的，不能是似是而非的。目前作为治疗甲肝的主打药物抗甲肝病毒药物，公认的只有干扰素、拉米夫定、阿德福韦等几种，其他各种标榜具有抗甲肝病毒作用的药物，尚未得到一致认可。以患者用药，必须认真选择，千万不能草率，最佳的保证措施就是要到正规的专科医院看病，万不可轻信任何广告和各种宣传。
提倡经济性：治疗甲肝新药种类繁多，疗程漫长，缺乏一锤定音的特效药物，甲肝患者病情反复无常，用药不断，不少患者已经因病致贫。因此甲肝患者用药一定要精打细算，少花冤枉钱，例如具有保肝降酶性质的药物非常多，大夫选择用药时，一定要考虑到患者经济承受能力，货比三家，选择价廉物美的药物。
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