十二指肠闭锁通过手术可以治愈，多数患儿术后能长期存活。治疗效果与手术时机、并发症、营养支持、术后护理、合并畸形等因素相关。
出生后72小时内实施手术效果最佳。早产儿或低体重儿需先稳定生命体征，延迟手术可能增加肠坏死风险。产前超声诊断有助于提前制定手术方案。
术后常见吻合口漏、肠梗阻等并发症。采用微创手术可降低发生率，出现并发症需二次手术干预。术前存在吸入性肺炎者需先控制感染。
术后需肠外营养4-6周，逐步过渡到经口喂养。严重病例可能需长期补充胰酶制剂。母乳喂养可促进肠道功能恢复。
需定期监测生长发育指标，前两年每3个月评估营养状况。注意预防反流性食管炎，喂养时保持半卧位。出现呕吐腹胀需及时复查。
约30%患儿合并唐氏综合征等染色体异常，这类患者预后较差。单纯十二指肠闭锁不伴其他畸形者，90%以上可获得正常生存期。
术后需坚持少食多餐原则，选择易消化的高热量食物如米糊、蒸蛋等。定期进行腹部按摩促进肠蠕动，避免剧烈哭闹增加腹压。建议每半年复查腹部超声，监测是否存在肠粘连。疫苗接种需按矫正月龄进行，特别注意轮状病毒疫苗的接种时机。家长应学习识别肠梗阻征兆，如突发呕吐胆汁样物需立即就医。多数患儿2岁后肠道功能可接近正常水平，能参与普通儿童活动。
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