新生儿肺动脉高压多数情况下可以治愈，治疗效果与病因、严重程度及干预时机密切相关。主要治疗方式包括氧疗支持、药物治疗、机械通气、体外膜肺氧合、病因治疗等。
轻中度患儿常通过鼻导管或头罩吸氧改善低氧血症，目标维持血氧饱和度在90%-95%。高浓度氧可能加重氧化应激损伤，需严格监测动脉血气。合并持续胎儿循环时，可尝试高氧试验辅助诊断。
一线药物包括西地那非磷酸二酯酶-5抑制剂、波生坦内皮素受体拮抗剂等血管扩张剂。难治性病例可静脉使用前列环素类似物如伊洛前列素。合并感染时需联用抗生素，心功能不全者加用多巴胺等强心药物。
对合并呼吸衰竭患儿需采用高频振荡通气或常频通气，参数设置以维持适度低碳酸血症PaCO235-45mmHg为目标。避免过度通气导致脑血流减少，同时需警惕气胸等气压伤并发症。
对药物难治性严重病例，静脉-动脉ECMO可提供心肺支持，适用于胎龄≥34周、体重≥2kg且无严重颅内出血者。平均支持时间5-7天，需肝素抗凝并监测血小板计数。
继发于败血症者需足疗程敏感抗生素；先天性膈疝患儿需手术修复；红细胞增多症需部分换血。早产儿合并支气管肺发育不良时，需长期氧疗及糖皮质激素干预。
母乳喂养可提供免疫保护降低感染风险，哺乳期母亲应避免服用血管收缩药物。保持中性温度环境减少氧耗，护理操作集中进行避免频繁刺激。出院后定期随访心脏超声评估肺动脉压力，接种肺炎球菌疫苗预防呼吸道感染。早产儿需监测生长发育指标，必要时进行神经发育评估。家长需接受心肺复苏培训，识别呼吸急促、喂养困难等预警症状。
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