食道闭锁通过手术修复通常可以治愈，患儿长期存活率可达90%以上。预后主要与闭锁类型、是否合并其他畸形、手术时机及术后护理等因素相关。
食道闭锁分为5种解剖类型，其中Ⅲ型食管上下段盲端间有瘘管占85%，手术成功率最高。Ⅰ型纯闭锁无瘘管因食管缺损较长，可能需要分期手术，预后相对较差。
约50%患儿合并先天性心脏病、肛门闭锁等VACTERL联合畸形。合并严重心脏畸形时，术后死亡率显著增加至30%-40%，需优先处理危及生命的伴随疾病。
出生后24-72小时内实施食管吻合术效果最佳。早产儿尤其是体重＜1500克因肺发育不成熟，需延迟手术并先行胃造瘘，存活率降低约15%-20%。
吻合口瘘发生率8%-15%和气管软化发生率25%是主要风险。严重吻合口狭窄需多次球囊扩张，反复呼吸道感染可能影响远期生存质量。
20%患儿会出现胃食管反流，需持续使用质子泵抑制剂。青春期可能发生食管运动功能障碍，需定期进行食管测压和内镜评估。
术后需坚持少食多餐，避免坚硬食物刺激吻合口。建议每日分6-8次喂养，餐后保持直立位30分钟。定期进行吞咽训练和呼吸功能锻炼，2岁前每3个月复查食管造影。注意预防吸入性肺炎，接种流感疫苗和肺炎球菌疫苗。营养支持方面，可选择高能量配方奶粉，必要时补充维生素AD和铁剂。心理干预应早期介入，帮助患儿适应喂养方式变化，家长需学习海姆立克急救法应对可能的窒息风险。
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