眼结膜囊肿是否需要治疗取决于囊肿大小和症状。体积较小且无不适症状时通常无须治疗，若囊肿持续增大或伴随异物感、充血等症状则需干预。
体积微小的结膜囊肿可能由结膜腺体分泌物潴留或轻微外伤导致，多数无明显症状且生长缓慢。此类囊肿可能随泪液冲刷或腺体疏通自行消退，日常注意眼部清洁、避免揉眼即可。但需定期观察囊肿变化，若出现轻微干涩感可使用人工泪液缓解。
持续增大的囊肿可能压迫角膜引发散光或刺激症状，常见于睑结膜部位的较大囊肿。伴随充血、分泌物增多时可能继发感染，需通过手术切除或激光治疗。术后需使用左氧氟沙星滴眼液预防感染，配合玻璃酸钠滴眼液促进角膜修复。反复发作的囊肿需病理检查排除肿瘤性病变。
保持眼部卫生是预防囊肿复发的关键，避免使用劣质化妆品或长期佩戴隐形眼镜。出现视物模糊、畏光流泪等伴随症状时应及时就诊，囊肿合并感染时可能引发结膜炎或角膜炎等并发症。术后遵医嘱定期复查可降低复发概率，日常饮食可增加维生素A和Omega-3脂肪酸摄入以维护结膜健康。
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