丙型肝炎病毒对肝脏的破坏是持续、隐匿、不可逆转的，80%以上的感染者将发展成慢性肝炎，丙型肝炎患者最终发展成肝硬化、肝癌，肝衰竭的比例也远远高于其他肝炎。
丙型肝炎病毒还会加重其他肝炎患者的病情。由于至今没有研制出丙型肝炎疫苗，丙型肝炎的危害从某种意义上说比乙型肝炎更为严重。
临床上，丙型肝炎的治疗基本与乙肝相通，以干扰素或联合病毒唑治疗疗效为好。在接受干扰素(IFNα)治疗期间，50%~80%的患者ALT可恢复正常，停药后复发率为50%，有持久疗效者15%~25%。如遇病毒唑联合治疗，可提高疗效。病毒唑口服剂量由每日600毫克增至每日1000毫克，最大可至1200毫克，共服6个月。不良反应主要是溶血性贫血，与剂量有关，停药后可自行恢复，未见其他特殊不良反应。
组合干扰素(CIFN)治疗慢性丙型肝炎具有更强的抗病毒作用,组合干扰素15微克,每周3此,皮下注射,共48周。对原用其他干扰素停药后复发的患者，近期疗效和远期疗效分别为70%和58%;对未用过干扰素治疗的患者,只需用组合干扰素9微克，每周3次，皮下注射48周，于24周及48周ALT复常率分别为68.3%和63.9%，HCVRNA阴转率分别为73.6%和65.4%。不良反应的发生率及严重程度与干扰素α-2a基本相同。熊去氧胆酸用以治疗慢性丙型肝炎能使ALT下降40%，常用剂量为每日600毫克，分次口服，6个月为1个疗程。
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